После восстановления независимости в 1991 году и признания суверенитета нашей страны подавляющим большинством государств мира давление, внутренние и внешние угрозы, направленные против Азербайджанской Республики, еще более усилились. Все это еще больше обострило и без того сложную общественно-политическую ситуацию в Азербайджане. Тяжелый социально-экономический кризис, хаос, анархия в стране привели к параличу государственного управления.  Некоторые лица из числа представителей власти создавали незаконные вооруженные отряды, состоящие из так называемых «добровольцев», что еще более ускорило крах правящих сил. В таких условиях невозможно было говорить не только о правовом государстве, демократии, но и таком простом праве людей, как жить в безопасности. Углубление кризиса власти в результате неподчинения отдельных политических партий, обладавших незаконными вооруженными формированиями, тогдашнему руководству государства создало благоприятные условия для осуществления сепаратистами своих коварных намерений на юге и севере страны. На севере к открытым действиям перешло движение «Садвал», а на юге после создания так называемой «Талыш-Муганьской Республики» фактически прервалась связь всего южного региона Азербайджана с республикой. Напряженная обстановка в стране диктовала необходимость реорганизации системы национальной безопасности, выполнения таких приоритетных задач, как защита национальных интересов. Достойное выполнение этих задач, а также отказ от принципов системы безопасности, которая на протяжении 70 лет защищала только лишь интересы советской империи, устранение сформировавшихся в обществе стереотипов и создание вместо этого органа национальной безопасности, не зависящего от какого-либо государства, способного надежно стоять на страже интересов и безопасности азербайджанского народа, являлись крайне сложными, серьезными и жизненно важными вопросами.

Постановлением Верховного Совета Азербайджанской Республики от 1 ноября 1991 года на базе Комитета государственной безопасности было учреждено Министерство национальной безопасности. Данное постановление одновременно выдвинуло необходимость изменения содержания и сути задач, стоящих перед органами безопасности, так как если все возможности и потенциал Комитета государственной безопасности в целом были направлены на обеспечение существования и стратегических интересов Советской империи, то важнейшая задача, стоящая перед Министерством национальной безопасности, была направлена на защиту суверенитета, конституционного строя, экономического, оборонного и научно-технического потенциала Азербайджанской Республики, а также сведений, представляющих государственную тайну, предотвращение разведывательной и другой диверсионно-деструктивной деятельности спецслужб и организаций иностранных государств преступных групп и отдельных лиц, словом, на защиту и охрану национальных интересов нашего народа. Однако по определенным объективным и субъективным причинам, в первую очередь, из-за некомпетентного руководства республикой, царившего произвола в 1991-1993 годах невозможно было осуществить поставленные задачи на высоком профессиональном уровне, обеспечить стабильность в стране, а также полностью поставить заслон перед контрабандистами, диверсантами, деструктивными силами, незаконно пересекавшими границу на разрушенной в свое время и приведённой в непригодное состояние пограничной полосе. Силы, препятствовавшие укреплению нашей независимости, стали чинить помехи обеспечению национальной безопасности Азербайджана, еще больше углублять политическую напряженность в стране. В итоге судьба нашей независимости оказалась под вопросом.

Общенациональный лидер Гейдар Алиев условно подразделял историю органов безопасности Азербайджана в годы независимости на два периода: 1991-1993-е годы и последующий период. В первый период для личного состава, неожиданно изменившего свое служебное назначение, были характерны переоценка всех ценностей; состояние замешательства в связи с реорганизацией, и это были объективные трудности. Однако из-за некомпетентности лиц, руководивших в этот период страной, деятельность Министерства национальной безопасности также оставалась бесконтрольной, этот орган направлялся неправильно, формировался не по профессиональным требованиям, а исходя из групповых и партийных интересов. Поэтому министерство вместо того, чтобы получать опережающую информацию о серьезных бедствиях, грозивших стране, и принимать меры по их предотвращению, в большинстве случаев регистрировало уже совершенные преступления и тяжелые удары, нанесенные по национальным интересам.

Гейдар Алиев, возвратившийся к политической власти по настоятельному требованию народа, определил принципы и задачи спецслужб по формированию профессионального кадрового потенциала для выполнения стоящих перед ними задач в рамках их полномочий, совершенствованию структуры, установлению направлений деятельности органов безопасности, подготовке и реализации их на уровне, отвечающем интересам народа. Несмотря на внутренние и внешние угрозы, сотрудники органов безопасности старались строить и выполнять свою работу на основе поручений и  рекомендаций общенационального лидера Гейдара Алиева. С полной уверенностью можно сказать, что период возрождения и прогресса, в подлинном смысле слова служения национальным интересам правоохранительных органов и органов безопасности Азербайджанской Республики был связан именно с возвращением общенационального лидера Гейдара Алиева к руководству Азербайджаном, его требовательностью к реорганизации и регулированию работы данных структур, а также повседневным контролем, заботой и вниманием.

28 июня 1997 года общенациональный лидер Гейдар Алиев в своем выступлении в Министерстве национальной безопасности на церемонии, посвященной учреждению профессионального праздника сотрудников органов национальной безопасности, ставил перед органами безопасности следующие задачи: «Министерство национальной безопасности Азербайджана уже возродилось, сформировалось, набралось сил и действительно способно обеспечить, защитить государственную безопасность независимой Азербайджанской Республики. В то же время перед вами стоит еще много задач. Первая задача заключается в том, чтобы ошибки, допущенные в данном органе и в советское время, и в период независимости, больше не допускались. Важнейшая ваша цель заключается в том, чтобы не допускались несправедливые действия в отношении того или иного гражданина. Защита прав каждого гражданина - основная задача нашего государства и моя как Президента. И большую часть этой задачи должны выполнять вы. Ваша задача – защита прав людей, обеспечение их безопасности, обеспечение безопасности не только государства, но и общества, нашего народа.

Поэтому с одной стороны, вы должны принимать очень серьезные, смелые меры, а с другой, - не делать ошибок, которые были допущены в прошлом. Повторяю, никто не должен подвергаться несправедливым лишениям, права ни одного человека не должны быть попраны, ничье достоинство не должно быть унижено, необходимо защищать достоинство каждого гражданина».

Исходя из требований, поставленных им перед органами безопасности, а также правоохранительными органами, была проделана основательная работа, направленная на предотвращение имевших место в 1990-1994 годах посягательств на нашу независимость и государственность, террористических актов и других тяжких преступлений. Так, общенациональный лидер Гейдар Алиев в своем указе «О мерах по усилению борьбы с преступностью, укреплению законности и правопорядка» от 9 августа 1994 года поставил перед силовыми структурами Азербайджанской Республики важные задачи. Он усилил борьбу с террористическими актами, диверсиями, умышленными убийствами, бандитизмом, хищением оружия, боеприпасов и взрывчатых веществ и прочими преступлениями, направленными против безопасности, экономических, политических устоев государства, жизни, здоровья граждан и прав собственности и совершаемыми в основном организованными преступными группами, незаконными вооруженными формированиями и другими преступными элементами.  

Кроме того, для предотвращения и раскрытия тяжких преступлений министерствам внутренних дел и национальной безопасности было поручено подготовить и осуществить комплексные меры с целью коренного улучшения работы служебных сфер по оперативно-розыскной деятельности. Работа, проводимая в области изъятия имеющегося у населения и незаконных отрядов оружия и боеприпасов, ликвидации преступных групп, предотвращения диверсионных акций деструктивных сил и в др. направлениях, заложила прочную основу для обеспечения стабильности и национальной безопасности в стране.

Благодаря профессионализму и высокому управленческому мастерству Гейдара Алиева была достигнута стабильность. Общенациональный лидер поставил перед органами безопасности задачи, вытекающие из новой реальности, что позволило уже на основе упредительных сведений добиться предотвращения преступлений на стадии их подготовки или совершения. Разработка Гейдаром Алиевым основных направлений политики национальной безопасности Азербайджана, определение судьбоносных задач, стоящих перед азербайджанскими спецслужбами, его последовательная деятельность, направленная на формирование отношений стратегического партнерства нашей республики с другими государствами в области безопасности, объявление концептуальных положений политики безопасности Азербайджана на ближнюю и дальнюю перспективу позволяют с полной ответственностью сказать, что на современном этапе стратегия безопасности Азербайджана связана с его именем. Гениальный политик Гейдар Алиев не только сформировал эту стратегию, но и точно определил конкретные направления по ее практическому осуществлению.

В результате напряженной работы, проделанной сотрудниками МНБ, в 1994-1997 годах в основном была предотвращена деструктивная деятельность иностранных спецслужб против Азербайджанской Республики, выявлены 213 граждан страны, привлеченных ими к тайному сотрудничеству, из них 27 человек были осуждены за шпионскую деятельность, а 186 человек после проведения профилактической работы отошли от преступного пути, разоблачены 13 иностранных шпионов. В республике трижды была устранена угроза гражданской войны, предотвращены 7 попыток государственного переворота,  5 попыток локализованы на стадии подготовки, своевременно обезврежены десятки лиц и групп, пытавшихся совершить террор и диверсии.  

Азербайджанская Республика, решительно укрепляющая свою независимость, опирающаяся на демократические принципы, доказывающая приверженность пути строительства цивилизованного, правового государства, еще больше развивая сегодня традиции государственности, создает нерушимую основу для надежного будущего и вечного существования. Министерство национальной безопасности, перед которым стояли важные задачи в этой области, проделало значительную работу по сохранению и дальнейшему укреплению государственной независимости как самого большого достояния азербайджанского народа. Наряду с обеспечением безопасности страны и народа, Министерство национальной безопасности добилось больших успехов и в области защиты национально-духовных ценностей, доставшихся в наследство от Азербайджанской Демократической Республики – предшественницы нашей независимой республики, восстановления уз между наследием и наследником. Если так можно сказать, МНБ под руководством национального лидера Гейдара Алиева не только стояло на страже прогрессивных традиций прошлого и безопасности современного государства, но и старалось достойно выполнить функцию гаранта завтрашнего дня, будущего.

В результате мер, принятых под руководством Гейдара Алиева, был положен конец случаям диверсионно-деструктивной деятельности. Как отмечал национальный лидер Гейдар Алиев, «…с целью нарушения общественно-политической стабильности в Азербайджанской Республике, препятствования проведению экономических реформ и обеспечению притока иностранного капитала в страну деструктивные силы в стране и за рубежом прибегли к другим провокационным действиям, даже террористическим актам против главы государства. В результате осуществленных целенаправленных и решительных мер все эти попытки были пресечены». Однако на современном этапе борьба с терроризмом с целью обеспечения внутренней безопасности в Азербайджане не ограничивается лишь борьбой с армянскими террористическими организациями или террористическими организациями, поддерживаемыми Арменией. Именно благодаря политике, проводимой Гейдаром Алиевым, Азербайджан и сегодня, являясь одним из членов международной антитеррористической коалиции, добился сохранения максимального контроля за деятельностью соответствующих организаций и структур, подозреваемых в связях с ними, внутри страны. Эти факты нашли отражение и в отчете «О состоянии терроризма в мире в 2002 году», опубликованном Государственным департаментом США в мае 2003 года.

На современном этапе Азербайджан является одним из активных членов международной антитеррористической коалиции, что, с одной стороны, имеет важное значение с точки зрения участия нашей страны как члена международного сообщества в процессах, происходящих на мировом уровне, а с другой, - это вытекает из внутренних мотивов нашей страны. В этом контексте Президент Азербайджанской Республики Гейдар Алиев в заявлении, связанном с известными террористическими актами 11 сентября 2001 года в США, говорил: «Азербайджан, решительно осуждающий все проявления терроризма, вел борьбу против терроризма и демонстрирует готовность к сотрудничеству с государствами и структурами мира в данном направлении. Ведь в конечном счете вместе с нарушением общественно-политической стабильности в стране это создает серьезную угрозу для обеспечения внутренней безопасности».

Когда Гейдар Алиев с самых высоких трибун мира осуждал террористическую политику Армении и заявлял, что терроризм является большим бедствием для человека, на эти слова не последовало серьезной реакции. Лишь когда теракты произошли в крупных, развитых  государствах, пришло осознание дальновидности этого политика, понимание того, что террор страшнее и чудовищнее войны, и крупные государства мира на глобальном уровне стали заниматься данной проблемой.

Вопрос борьбы с терроризмом, который в настоящее время находится в центре внимания спецслужб ведущих государств мира, представляет важное значение и для органов безопасности Азербайджана. Появившаяся в последнее время контрабанда ядерными технологиями и веществами двойного назначения, как новая ветвь терроризма, диктует необходимость внимательного отслеживания  происходящие в мире процессов. Органы безопасности Азербайджана осуществили ряд безотлагательных мер для предотвращения использования в международной террористической деятельности транспортных коридоров, проходящих через нашу страну, которая в силу своего геополитического положения находится в сфере интересов ряда государств.

Зачастую интересы агрессивной Армении, не скрывающей политико-экономических, агрессивных военных намерений в отношении нашей страны, совпадают с интересами определенных кругов некоторых государств, и порожденная данными интересами разведывательно-деструктивная деятельность побуждает органы безопасности Азербайджана предпринимать продуманные и упреждающие шаги. В результате напряженного труда сотрудников МНБ под руководством Гейдара Алиева, их высокопрофессионального и ответственного отношения к работе  были своевременно предотвращены попытки воздействия и давления некоторых иностранных спецслужб, ряда террористическо-диверсионных действий, направленных против суверенитета республики, приняты соответствующие меры. Проводимая общенациональным лидером Гейдаром Алиевым политика по укреплению государства и государственности успешно продолжается и его достойным преемником Президентом Азербайджанской Республики Ильхамом Алиевым, показывая свою победоносную силу.

Можно смело говорить о том, что именно политический курс Гейдара Алиева способствует интеграции Азербайджана, как правового, демократического, светского государства, в Европу. МНБ с каждым годом расширяет международные связи со спецслужбами многих стран мира в области  борьбы с терроризмом, наркобизнесом, другими формами организованной преступности, что также служит полному устранению этой угрозы. Наша общественность и государства-партнеры всегда высоко оценивают и одобряют решительную и принципиальную позицию Азербайджана, как одного из активных членов антитеррористической коалиции, конкретные результаты борьбы с терроризмом, интенсивный обмен информацией, задержание и передачу в установленном порядке лиц, находящихся в международном розыске, важные примеры наших связей сотрудничества.

После обеспечения стабильности в стране по мере того, как дела в Министерстве национальной безопасности входили в свое русло, стали подписываться необходимые правовые документы, связанные с его формированием. Принятие Указа о применении Закона Азербайджанской Республики «О государственной защите лиц, участвующих в уголовном процессе» (1 февраля 1999 года), указов Президента Азербайджанской Республики о применении Закона Азербайджанской Республики «О борьбе с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров» (4 августа 1999 года, 24 августа 2002 года), Указа Президента Азербайджанской Республики о применении Закона Азербайджанской Республике «О борьбе с терроризмом» (30 августа 1999 года), указов Президента Азербайджанской Республики о применении Закона Азербайджанской Республике «Об оперативно-розыскной деятельности» (11 ноября 1999 года, 24 августа 2002 года) и других правовых документов сыграло неоценимую роль в направлении деятельности МНБ и создании его правовой базы.

Под руководством Президента Азербайджанской Республики уважаемого Ильхама Алиева, уверенно и успешно продолжающего сегодня политический курс великого лидера, Азербайджан еще больше развивает свои традиции государственности. Именно под руководством Верховного главнокомандующего Вооруженными силами господина Ильхама Алиева был разработан план последовательных мероприятий, направленных на осуществление важных организационно-практических реформ, укрепление необходимой правовой базы. Принятие законов Азербайджанской Республики «О национальной безопасности», «О разведке и контрразведке», «О государственной тайне», «Концепции национальной безопасности Азербайджанской Республики» и других законодательных актов, нормативно-правовых документов является показателем усовершенствования законодательной базы направлений деятельности органов безопасности.

Сегодня, когда глобальная архитектура безопасности, международный порядок подвержены серьезному давлению и влиянию, когда возросли угрозы для регионального спокойствия, дальнейшая активизация работы по защите и укреплению государственной независимости, общественно-политической стабильности обусловливает постоянное усовершенствование деятельности органов безопасности, превращение их в адекватную спецслужбу, отвечающую велению времени.

В целях повышения эффективности деятельности спецслужб и совершенствования структуры государственного управления Указом от 14 декабря 2015 года номер 706, подписанным главой государства господином Ильхамом Алиевым, на базе Министерства национальной безопасности Азербайджанской Республики были созданы Служба государственной безопасности Азербайджанской Республики и Служба внешней разведки Азербайджанской Республики.

Служба государственной безопасности, перед которой стоят важные задачи по сохранению и дальнейшему укреплению государственной независимости как самого большого достижения азербайджанского народа, придает особое значение чистоте личного состава, осуществляющего возложенные на него обязанности, его преданности Родине, народу и государству, а также профессиональной, физической и боевой подготовке. В настоящее время важнейшими критериями являются высокий профессионализм и интеллектуальный уровень, строгая служебная и исполнительская дисциплина.