На захваченных территориях советское правительство учреждало местные чрезвычайные комиссии (ЧК) по борьбе с контрреволюцией и саботажем. Сразу после оккупации Азербайджанской Демократической Республики аналогичный процесс стал осуществляться и в нашей стране, и 29 апреля 1920 года была создана Азербайджанская чрезвычайная комиссия (АзЧК). Из-за нехватки кадров и техники данная структура вначале функционировала вместе с особым отделом XI Красной армии, поэтому наряду с особым отделом XI армии Семен Андреевич Панкратов руководил и АзЧК. Как полномочный представитель Москвы он имел полномочия вмешиваться во все дела в республике и даже выносить смертный приговор без суда и следствия. Превышая должностные полномочия, Панкратов без согласования с Азербайджанским ревкомом осуществлял массовые аресты, расстрелы и погромы. Патриотически настроенные члены Азербайджанского ревкома всеми силами стремились к тому, чтобы АзЧК начал действовать как самостоятельная спецслужба и произволу панкратовых,  мирзоянов, саркисовых был положен конец. На заседании Ревкома Азербайджана 14 мая 1920 года Эйюб Ханбудагов был назначен председателем Чрезвычайной комиссии, а Панкратов – заместителем председателя Чрезвычайной комиссии. Таким образом, 18 мая 1920 года Азербайджанская чрезвычайная комиссия была отделена от особого отдела XI Красной армии и начала функционировать самостоятельно. На самом деле и эта независимость носила формальный характер, так как особый отдел XI Красной армии, полномочия которого постепенно расширялись, в любой момент мог вмешиваться в работу Чрезвычайной комиссии. В результате реформ, проведенных в АзЧК  в 1921 году, с мая того же года в структуре начали функционировать следующие отделы:

1.Общий отдел. В отдел входили финансовая, хозяйственная, медицинская части, комендатура, отряд особого назначения;

2.Отдел секретных операций. Отдел состоял из оперативного, информационного, регистрационного подразделений и уполномоченных по расследованию.

3.Административно-организационный отдел. Отдел состоял из административного, организационно-инструкционного подразделений.

4.Особый отдел. Отдел состоял из оперативного, информационного, регистрационного подразделений и уполномоченных по расследованию.

Спустя некоторое время после формирования структурных подразделений Политбюро ЦК КП Азербайджана утвердило 21 июня 1921 года Положение о Чрезвычайной комиссии Азербайджанской Республики. Согласно данному положению, АзЧК превратился в центральный орган по борьбе с контрреволюцией, саботажем, спекуляцией, бандитизмом и злоупотреблением служебным положением и был передан в подчинение Совета народных комиссаров Азербайджана.

В составе АзЧК также функционировали чрезвычайные тройки. Они могли принимать решения, проводить расстрелы без каких-либо санкций.