Спустя много десятилетий на должность председателя Комитета государственной безопасности Азербайджана впервые был назначен азербайджанец – общенациональный лидер Гейдар Алиев, что явилось началом новой страницы в истории органов госбезопасности. В результате дальновидной и целенаправленной деятельности первого в КГБ генерала-азербайджанца в органах безопасности широкое место было отведено подготовке и выдвижению национальных кадров. Одним из направлений деятельности Гейдара Алиева в КГБ было противодействие сепаратистской деятельности армян и проармянских сил. Так, в 1960-70-х годах иностранные спецслужбы и их идеологические центры проявляли большой интерес к межнациональным отношениям в СССР, проводя посредством армянского лобби и поддерживающих их сил сепаратистскую политику, предпринимали новые попытки присоединения Нахчывана и Нагорного Карабаха к Армении.

Заметив оживление в деятельности иностранных спецслужб, в частности, партии «Дашнакцутюн», связанной с нашей республикой, руководство азербайджанских спецслужб повысило внимание к Нагорному Карабаху и поставило перед сотрудниками важные задачи. В результате принятых мер в 1967 году в городе Ханкенди была выявлена нелегальная националистическая молодежная группа. Она выступала с такими националистическими и сепаратистскими призывами, как скорейшее присоединение НКАО к Армении, проводила пропаганду и распространяла листовки. В результате проведенных успешных оперативных мероприятий деятельность группы была разоблачена. Несмотря на это, 3 июля 1967 года в городе Ханкенди произошли массовые беспорядки. Причина инцидента была связана с якобы необъективным проведением суда над преступниками. Родственники, несогласные с решением суда, совершили нападение на осужденных и зверски убили их. В результате принятых мер были арестованы 22 активных участника беспорядков.

Впоследствии житель Еревана Григорян, арестованный управлением милиции НКАО за кражу, сообщил о создании вооруженной группы с целью отмщения за арестованных и совершения террористических актов против руководства области. В результате принятых мер были обнаружены похищенные в одной из воинских частей, дислоцированных в свое время в Ереване, 4 автомата Калашникова, 2 пулемета, пистолеты типа наган и маузер, запчасти к ним и пр.

На совещании оперативного состава КГБ Азербайджанской ССР 5 марта 1969 года Гейдар Алиев отметил в связи с этим вопросом: «Своевременное установление и арест нами организаторов и исполнителей событий, произошедших в Ханкенди 3 июля 1967 года, нанесли мощный удар по деятельности других националистов и значительно ослабили их работу».

Хотя преступные деяния армянских националистов в Нагорном Карабахе были своевременно пресечены, они все же продолжали проводить сепаратистские акции на этнической почве, которые порой сопровождались террором. В сложившихся условиях были предприняты определенные шаги, направленные и на усиление идеологической работы, пропагандистских и профилактических мер. В результате возникла необходимость создания аналитических управлений, отделов и подразделений. С этой целью в 1969 году в центральном аппарате и местных органах КГБ были созданы информационно-аналитические структурные подразделения. Создание информационно-аналитических структурных подразделений явилось логическим продолжением более совершенной организации практической деятельности органов госбезопасности.

На состоявшемся 23 апреля 1969 года заседании Коллегии Комитета государственный безопасности при Совете Министров Азербайджанской ССР под председательством Гейдара Алиева было принято решение следующего содержания: «В целях анализа, классификации, поиска, сбора и передачи изменений в методах, формах, тактике деструктивной деятельности врага создать Информационно-аналитическое отделение КГБ при Совете Министров Азербайджанской ССР». Основная задача подразделения как самостоятельной структуры, подчиняющейся председателю КГБ, заключалась в анализе, прогнозировании и доведении до председателя Комитета полученных сведений.

Постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 5 июля 1978 года Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР был переименован в Комитет государственной безопасности СССР. В соответствии с данным постановлением Президиума Верховного Совета СССР приказом председателя Комитета государственной безопасности СССР Ю.В.Андропова от 13 июля 1978 года постановление Верховного Совета СССР стало выполняться на местах. Тем самым, был положен конец зависимости КГБ от Совета Министров. КГБ стал выполнять непосредственно поручения ЦК КПСС.В 1980-х годах в связи со сложившейся общественно-политической обстановкой интерес иностранных спецслужб к СССР значительно возрос. Эти силы отдавали предпочтение больше привлечению в правоохранительных и воинских частях, а также в органах МВД, пытаясь нарушить таким образом стабильность в стране, активизировать шпионскую деятельность. Руководство Центрального комитета и КГБ выявляло данные направления, в целях предотвращения возможных провокаций проводило определенные структурные преобразования или создавало новые структурные подразделения.

Основные задачи, стоявшие перед КГБ Азербайджанской ССР в конце 1980-х годов, заключались в своевременном предотвращении деструктивной деятельности приграничных государств, направленной против Азербайджана, изучении сферы интересов внешней разведки в Республике, сохранении под контролем объектов военного режима, пресечении антисоветской пропаганды, проводимой противником в идеологической сфере, устранении происходивших в стране национальных конфликтов, словом, осуществлении полного контроля за оперативной обстановкой.

Общенациональный лидер Гейдар Алиев на встрече с сотрудниками МНБ в 1997 году справедливо отметил, что «с 1988 года в органах национальной безопасности Азербайджана происходили бедственные, чудовищные процессы. Весь созданный здесь потенциал, нравственность, национальный дух стали разрушаться».

Как сказал Гейдар Алиев, в те годы национальные конфликты приобрели широкий размах. В некоторых местах (к примеру, в Сумгайыте) конфликты создавались определенными силами продуманно. В результате конфликта, произошедшего под руководством данных сил 28 февраля 1988 года в Сумгайыте, 32 человека погибли, 439 получили ранения, были разрушены 189 квартир и 52 объекта, Азербайджанской Республике причинен ущерб на сумму 7 миллионов рублей.

Во время сумгайытских событий сотрудники азербайджанских спецслужб, можно сказать, были полностью изолированы, контроль за операцией взяли на себя прибывшие из Москвы сотрудники прокуратуры и полномочные представители КГБ СССР. Проармянские советские правоохранительные органы, односторонне подходившие к событиям, вместо расследования злодеяний, совершенных армянскими вандалами, признали виновными азербайджанцев, в результате несколько из них были приговорены к расстрелу. В целом, мишенью обвинения стали именно азербайджанцы. Так, к уголовной ответственности был привлечен 91 человек, в том числе 86 азербайджанцев, 2 лезгин, 2 русских и только 1 армянин.

С каждым днем обострявшие ситуацию армяне, которые жили химерой о «великой Армении», в тот период зверски изгнали 142 тысячи азербайджанцев из родных очагов, а спустя некоторое время эта цифра превысила 230 тысяч, им был причинен огромный материальный ущерб. Так, армяне завладели принадлежащими азербайджанцам 31 тысячей домов, имуществом 165 совхозов и колхозов, тысячами голов скота. В результате совершенных ими злодеяний были убиты 225 и ранены 1054 азербайджанца, тысячи людей подверглись оскорблениям и пыткам.

Как видно, эти процессы сопровождались акциями геноцида, совершенными армянами против азербайджанцев. Фактами, опирающимися на исторические источники, доказано, что только в ХХ веке армяне убили и изгнали с исторических земель на территории нынешней Армении тысячи азербайджанцев. Кроме этого, в 1988-1991 годах из Армении были изгнаны более 15 тысяч курдов и несколько тысяч русских. Таким образом, Армения превратилась в моноэтническое государство.

После сумгайытских событий сепаратистская деятельность армянских националистов приобрела широкий размах. Начиная с февраля 1988 года в столице и провинциях Армении стали проводиться антитюркские митинги. Усилились гонения в регионах, где проживали азербайджанцы, не только со стороны армянских националистов, но и государственных руководителей, эти акции, проводимые под лозунгом «Очистить Армению от тюрок» вывели национальные конфликты на новую стадию.

Последующие события также подтвердили, что сумгайытские события были нужны армянам для изгнания азербайджанцев из Армении и Нагорного Карабаха. Умело воспользовавшись этим, армяне подвергли гонениям и давлению тысячи азербайджанцев, зверски убили многих из них. 24 февраля 1988 года армяне совершили убийство 2 азербайджанских юношей и ранили 19 человек в Аскеранском районе. В ноябре-декабре 1988 года, во время беспорядков, произошедших как результат Сумгайытских событий в Баку, Нахчыване, Гяндже, Загатале, Мингячевире, Шамкире, Хачмазе, Шеки, Шамахе, погиб 21 человек, 280 получили ранения, были разрушены 288 квартир, 12 государственных учреждений, 5 зданий правоохранительных органов, сожжено 6 автомашин.

В знак протеста против этих злодеяний, вызвавших возмущение азербайджанского народа, в Баку и других местах Азербайджана стали проводиться митинги и демонстрации. За короткое время эти митинги и демонстрации превратились в народное движение, борьбу за национальную независимость.

Москва пыталась всячески подавить народное движение в Азербайджане. Немалую помощь в этом деле ей оказывало и руководство КГБ Азербайджанской ССР. Информируя о положении в Азербайджане, оно одновременно предоставляло справки клеветнического характера о лидерах народного движения, обвиняло тех, кто поднялся на защиту своих прав, в нарушении стабильности, создании противостояния, сепаратизме, экстремизме. В середине января 1990-го года председатель КГБ Азербайджанской ССР шифрованной телеграммой сообщил Москве, что республика находится в состоянии хаоса, в преддверии мятежа, и если не будут приняты решительные меры, то можно потерять Азербайджан. Это еще раз показывает, что в тот период силовые структуры Азербайджана, как и руководители государства и правительства, действовали лишь по указке империи, не задумываясь о положении и судьбе народа.

Интересно, что среди шифрованных телеграмм, отправленных КГБ Азербайджанской ССР в Москву, сообщалось и о Гейдаре Алиеве, находившемся в то время на пенсии: «Как и прежде… позиции Гейдара Алиева сильны. Население до сих пор с уважением произносит его имя … Они планируют выдвинуть кандидатуру Гейдара Алиева  в депутаты Верховного Совета Азербайджанской ССР от Ордубадского района, а при благоприятном стечении обстоятельств – избрать его на должность председателя Президиума Верховного Совета». Тем самым, «КГБшники» еще более углубили пропасть между властью и народом.

В январе 1990 года советское правительство и его силовые структуры показали свое поистине имперское лицо. Так, вначале они взорвали энергоблок Азербайджанского телевидения, а затем – учинили трагедию 20 Января. Факты свидетельствуют о том, что правящие круги, выступавшие против идеи народа обрести независимость, для подавления национального движения заранее подготовили сценарий 20 января.

Чтобы помешать информированию о трагических январских событиях, 19 января был взорван энергоблок Азербайджанского телевидения. В подготовке плана взрыва принимали участие Агеев, Бобков, руководитель группы «Альфа» Карпухин, начальник 4-го отдела КГБ республики Измоденов и др. Следствие доказало, что взрыв был осуществлен сотрудниками КГБ и военнослужащими. В результате взрыва телестудии был причинен материальный ущерб на сумму 260 тысяч манатов. В Баку собралось очень много сотрудников, в основном руководителей КГБ СССР.  Под различными предлогами азербайджанцы по национальности были отстранены от работы или направлены в другие регионы. В результате кровавой акции, совершенной советской армией 20 января, 131 человек был убит, 744 получили ранения, 4 человека пропали без вести, 400 человек были арестованы. Сторонники империи не довольствовались осуществлением это кровавой акции в городе Баку, жертвами большевистского террора стали десятки людей в провинциях Азербайджана.

Следует отметить, что многие сотрудники КГБ Азербайджанской ССР-азербайджанцы, обладавшие национальным сознанием, были недовольны этими преступными акциями и открыто выражали протест. Так, 21 января 1990 года - наутро после трагических событий некоторые сотрудники КГБ-азербайджанцы, проведя открытое партийное собрание, обсудили ввод войск в город Баку и совершенные ими преступления, потребовали привлечения виновных к ответственности. Некоторые из них, несмотря на возражение руководителей КГБ Азербайджанской ССР, смогли вывесить черные флаги в различных местах здания спецслужб и в знак протеста отказались от партийных билетов.

КГБ, функционировавшие примерно год после событий 20 Января, произвел соответствующие изменения в своих структурных подразделениях. Однако общественно-политическая ситуация, сложившаяся в СССР,  а также в Азербайджане в конце 1980-х – начале 1990-х годов, повлияла и на органы КГБ. Периодически предавались гласности некоторые моменты имперской политики, которые ранее скрывались от народа. Поддержка, оказываемая армянам  руководством СССР, покровительствующим Армении, и его правоохранительными органами, а также органами безопасности, безучастное отношение к произошедшим событиям вызвали возмущение азербайджанского народа, доверие к ним было полностью утрачено, и в ноябре 1991 года деятельности КГБ в  Азербайджане был положен конец.