По окончании войны в рамках реорганизации органов государственной безопасности аппараты, созданные для военных условий, были упразднены. В результате структура советских органов государственной безопасности была значительно упрощена.

Совместным постановлением Пленума ЦК КПСС, Совета Министров СССР и Верховного Совета СССР от 7 марта 1953 года Министерство государственной безопасности СССР и Министерство внутренних дел СССР были объединены в единый орган – Министерство внутренних дел СССР.

Однако спустя некоторое время указом от 13 марта 1954 года был создан Комитет государственной безопасности (КГБ) при Совете Министров СССР. В его состав были включены главные управления и самостоятельные отделы Министерства государственной безопасности, функционировавшего до марта 1953 года. На основании соответствующих указов президиумов верховных советов союзных и автономных республик были созданы комитеты государственной безопасности при советах министров данных республик, а в краях и областях – соответствующие управления и отделы Комитета государственной безопасности. А в городах и районах вместо бывших городских отделов и отделений Министерства внутренних дел были учреждены аппараты уполномоченных Комитета государственной безопасности.

С учетом изменившейся оперативной обстановки в стране в ряде районов аппараты органов государственной безопасности были распущены. В 1957 году ЦК КПСС и советское правительство в целях укрепления государственных границ приняли решение о переводе Главного управления пограничных войск из состава МВД СССР  в состав Комитета государственной безопасности при Совете министров СССР.

Постановлением ЦК КПСС и Совета министров СССР от 2 марта 1959 года было принято Положение Комитета государственной безопасности при Совете министров и его местных органов. В соответствии с данным Положением в целях выполнения решений ЦК КПСС и Совета Министров СССР, а также рассмотрения вопросов, касающихся организации работы органов государственной безопасности и деятельности данных органов была создана коллегия КГБ СССР. В коллегию были включены председатель комитета, его заместители, руководящие работники комитета и его местных органов.

Одна из основных задач, стоящих перед КГБ, заключалась также в возвращении органам безопасности авторитета,  утраченного в 1920-1950 годах. 30 июня 1956 года было принято постановление «О культе личности и его последствиях». Этим постановлением была дана политико-правовая оценка преступлениям, совершенным сталинизмом в 1920-1950-х годах и ликвидирован культ И.В.Сталина. Те, кто с ним работал, силы, управлявшие тоталитарным режимом, были арестованы. Осужденные в Баку Военной коллегией Верховного совета СССР Ю.Д.Сумбатов-Топуридзе, Х.Григорян, Т.Борщев, С.Емельянов, А.Атакишиев, Р.Маркарян понесли заслуженное наказание за совершенные преступления. Хотя недостатки в самой системе, режиме, империи не были полностью устранены, в этом направлении были сделаны первые шаги. 

В области устранения негативных последствий нарушения социалистической законности, имевшего место в деятельности органов безопасности в Азербайджане и других республиках,  были пересмотрены дела в отношении лиц, отбывавших наказание в различных лагерях, тюрьмах  СССР, а также находившихся в ссылке, некоторые из них были реабилитированы. Полностью изменилось отношение к военнопленным и легионерам. Тысячи людей, невинно осужденных специальными тройками и судебными органами, были реабилитированы и освобождены, срок отбывания наказания многих был сокращен, либо рассмотрен состав преступлений и вынесены соответствующие приговоры.

В Азербайджане, как и повсюду в СССР, относительно расширилась борьба за сохранение национальных ценностей, продолжение доставшихся в наследство от предков обычаев и традиций, защиту территориальной целостности, религии и языка и пр. К примеру, в 1957 году поэт Мухаммед Багирзаде Бирия в письме, адресованном руководителям правительства Азербайджана, потребовал закрыть школы марксизма-ленинизма, убрать памятники Марксу, Энгельсу, Ленину и Сталину, отказаться от кириллицы и вернуться к старому алфавиту, выселить врагов исламского мира – армян из Азербайджана, открыть границы, вернуть на родину всех мусульман, приговоренных к ссылке, и пр.